中心实行校、院两级管理下的。中心实行主任负责制。中心的综合办公室、技术服务部和资源保障部由中心主任直接管理，下设个实验室由中心和相关学院共同管理。

1. 人事管理

中心具有独立的人事编制，中心管理部门由专职管理人员组成。实验师资队伍专兼结合、专职为主，实行聘用制度，竞聘上岗，并订聘用合同，明确岗位责任与义务。中心和相关学院共同对受聘于中心实验室的专兼职实验教师、技术人员和管理人员进行年终考核，并将考核结果记入个人档案，作为聘用及晋职的依据。对考核不称职的人员限期整改，整改后仍不能履行合同职责的，解除聘用合同。中心对实验室集体也有相应的考核办法，具体方法与对个人的考核方法相同，对在某些方面履行职责好的单位给予奖励，并颁发荣誉证书；中心和学院每年还对实验室建设和实验教学先进个人进行表彰和奖励。

2. 经费管理

学校设置独立的中心建设经费，用于中心的日常运行、仪器维护、技术保障、绩效奖励等。中心主任根据中心总体发展规划、以及各实验室的建设任务，合理安排经费使用计划，避免仪器设备的重复购置，专款专用、不得挪用。

3. 教学资源管理

中心资源保障部负责教学资源的计划、组织、协调、评价、维护以及开放共享。定期或不定期检查仪器设备、更新实验软件，保障教学资源信息的完善、准确。

4. 实验教学管理

学校教务处、资产设备处和相关学院的负责人、工作人员，负责学生实验教学的计划、组织、协调和评价工作。鼓励大学生通过中心平台进行自主学习，开展认知性方法性实验、综合设计性实验、研究创新性实验和课外科技活动。中心各实验室通过留言版、邮箱等途径，对学生进行在线指导，有效提高学生的学习兴趣、实践能力和创新能力。